Vitet e para ishin të lodhshme dhe të mbushura me polemika. Massimo Moratti, një prej atyre presidentëve karizmatikë dhe shpërthyes, që karakterizuan futbollin italian në vitet 1990, shkarkonte trajnerë me lehtësi dhe shpesh kërcënonte me dorëheqje, njëra prej të cilave u bë realitet më 2004 për rreth dy vite. Ishin vitet e përplasjeve me Juventusin dhe penalltisë së mohuar për Ronaldon, por gjithçka ndryshoi me skandalin e “Calciopoli”.
Deri në vitin 2006, përveç Kupës UEFA, Interi fitoi vetëm një Kupë Italie dhe një Superkupë Italiane më 2005.
Pas kësaj, nisi epoka e titujve, me atë të sezonit 2005/06, që u dha pas heqjes së titullit Juventusit, trofe që tifozët bardhezinj e quajnë ende “prej letre”.
Pasuan kampionate të tjera, ndërsa kulmi u arrit në sezonin 2009/10 me Mourinhon, që fitoi tripletën dhe më pas u largua drejt Real Madridit mes polemikave.
Ishte fillimi i fundit të epokës “Moratti”. Më 15 tetor 2013, ai shiti shumicën e aksioneve tek Erick Thohir. Më 23 tetor 2014 dha dorëheqjen edhe nga posti i presidentit të nderit, duke mbyllur përfundimisht 19 vite drejtim (përveç periudhës së shkurtër të Facchettit, 2004–2006). Më 6 qershor 2016, në kuadër të kalimit të pronësisë te “Suning”, ai shiti edhe pjesën e fundit të aksioneve që zotëronte.
